Vedoucí
Hlavní výzkumné činnosti
- Funkční systémový popis bakteriálních producentů rozpouštědel a bioplastů.
- Vývoj technik pro funkční anotaci nemodelových organismů.
- Vývoj algoritmů pro odvození a analýzu biologických regulačních sítí.
- Návrh a vývoj zákaznických nástrojů pro kvalitativní a kvantitativní analýzu laboratorních dat.
Hlavní výsledky výzkumu - praktické
- Kompletní a veřejně dostupné anotované genomy cca 10 bakterií.
- COGtools: výpočetní nástroj pro funkční anotaci bakteriálních genomů.
- Augusta: výpočetní nástroj pro odvození genových regulačních sítí, sestavování Booleovských modelů a vyhledávání transkripčních motivů.
Hlavní výsledky výzkumu - publikace
- Novel thermophilic polyhydroxyalkanoates producing strain Aneurinibacillus thermoaerophilus CCM 8960
- Phenotypic and genomic analysis of isopropanol and 1,3-propanediol producer Clostridium diolis DSM 15410
- A transcriptional response of Clostridium beijerinckii NRRL B-598 to a butanol shock
- Complete Genome Sequence of the Type Strain Tepidimonas taiwanensis LMG 22826T, a Thermophilic Alkaline Protease and Polyhydroxyalkanoate Producer
- Identification and validation of reference genes in Clostridium beijerinckii NRRL B-598 for RT-qPCR using RNA-Seq data
Projekty/Průmyslové zakázky
Unraveling the role of polyhydroxyalkanoates in Schlegelella thermodepolymerans – promising environmental bacterium for next generation biotechnology
Rok zahájení
2022
Hlavní řešitel
Softwarový nástroj pro analýzu amplifikačních křivek qPCR
Rok zahájení
2022
Hlavní řešitel
Genomová a fenotypová typizace průmyslově využitelné extremofilní bakterie Aneurinibacillus species H1
Rok zahájení
2021
Hlavní řešitel
